水利水电工程专业属工科性质，与我校的以工为主、多学科发展的综合性工科大学定位一致。本专业秉承“明德、至诚、博学、远志”的校训，恪守“勤奋、严谨、求实、创新”的校风，遵循学校“坚定不移地走产学研合作”的办学理念，突出“学科基础厚、创新实践强、拓展空间广、服务社会宽”的专业人才培养特色，主动适应新时期人才市场需求，注重培养学生的实践能力、创新能力，为水利水电工程建设培养基础理论扎实、知识面宽、综合素质高、德才兼备的人才，成为国家人才培养、科学研究和社会服务的重要基地。
水利水电工程专业是土木工程学院最早设立的本科专业之一，是福州大学重点建设专业。1978年开始招收水工结构工程专业硕士研究生；1985年获得硕士学位授予权；2007年在土木工程一级学科博士点下自主增设“水工程安全与水灾害防治”二级学科博士点；2008年被评为校特色专业；2010年获得福建省重点学科建设；2011年获得水利学科一级硕士学位授予权；2011年顺利完成我校水利水电工程本科专业评估，取得优秀成绩；2013年依托“闽台高校联合培养人才项目”与台湾海洋大学联合开设了水利水电工程（近海工程方向）本科专业，是目前福建省唯一一所具有大学本科、硕士、博士学位的水利水电高级人才培养的高等学校。
在专业建设方面，水利水电与港口工程系通过特色专业建设，努力构建既适应海峡西岸经济社会发展需求又符合水利水电科学发展规律的基础教育人才培养体系，整合水利水电学科科学理论教育和实践性教学内容，探索毕业设计多平台新模式，使毕业生具有较强的工程实际应用能力和工程科学研究能力，成为工程实用和急用人才。同时使本专业成为水利水电工程、水文与水资源工程、港口与海岸工程人才的培养基地，产生良好的示范性和辐射性作用。结合本省水利工程相关行业特点和工程需求，专业知识教育在原有以水利水电专业为主的基础上增加相关的水文、港口工程、近海工程等基本平台来进行专业配套和设置，构建既适应社会发展需求又紧跟水利水电科学和港口工程迅猛发展的知识体系和教育内容。同时，水利水电与港口工程专业是培养高级工程技术人才的专业，为了突出学生的动手能力，在培养过程中，除注重加强学生的基础理论知识外，在实验、生产实践上也狠下功夫，通过建立以水力学、水工模型实验以及港口与海岸工程等为一体的基础开放实验室，增加学生参与工程建设、施工、设计与管理等工作的实践机会和时间，使学生在实践中强化理论知识的学习和进行实际运用的训练，从而获得理论知识和动手能力的双提高。这种培养理念和模式得到用人单位的肯定，多年来毕业生一次就业率一直保持在98%以上，毕业生得到用人单位的高度认可和好评。校外实习基地有古田溪梯级水电站、水口水电站、洪口水电站、四川瀑布沟水电站、中国水利水电第十六工程局等。
在科研方面，从上世纪七十年代开始，我校就开展了水工结构工程领域的研究，参与了古田溪、东江、水口、二滩、棉花滩等国家重点工程的科技攻关工作，也参与了多项省重点工程的科学研究，取得了一批高水平的研究成果，曾获省、部级科技进步一、二、三等奖十多项，目前主要研究方向有水工结构计算理论、水工结构仿真与智能监控、水工岩土工程、水力学及河流动力学和港口与近海工程等，为我国及福建省经济建设和社会发展发挥着重要作用，迄今为止已在国内外学术期刊上发表论文近300篇，承担各类科研项目87项，科研经费900余万元。近年来，水利水电工程系教师积极进取，与华东水利设计研究院、国电大渡河流域水电开发有限公司、福建省水利厅等有关单位合作开展科研攻关项目，积极探索走“产学研”道路，已完成了10多项省、部级科研项目，其中8项获省、部级科技进步一、二、三等奖。
同时，不断加强与国外大学的交流与学生互访，目前福州大学先后与20多所台、港澳地区大学签订了校际友好合作协议：与美、英、德、法、意、日、韩等20多所高校建立了校际协作关系。福州大学确定土木工程学院作为学校国际化建设的重点之一。土木工程学院结合自身的学科背景、专业发展以及国家、地方发展规划对专业人才的需求，制订了符合学院发展的国际化方案。先后起动了国家留学基金委本科生国际交流项目、美国韦恩州立大学“3＋2”本科生联合培养项目、德国凯泽斯劳滕工业大学本科生“5＋5”项目、加拿大曼尼托巴大学合作办学项目、中日韩大学间合作培养水环境技术人才项目、长崎大学工学研究科国际水环境工程学人才项目等国际联合培养项目，陆续选派多批本科生、研究生赴外留学深造；2013年开展闽台高校联合培养人才项目，其中水利水电工程（近海工程方向）专业每年招生80名。2014年起定期实行为期一周左右的接待台湾海洋大学本科生暑期移地教学，主要安排了水利水电、桥梁、高楼结构等工程专业讲座与工程参访研习的活动。同时，福州大学的本科生国际化区域化联合培养吸引了意大利、玻利维亚、尼泊尔等国学生前来攻读博士学位或进行短期交流学习，短时间内率先实现了师资团队国际化、生源国际化、科研平台国际化的突破。
